第二、三部由翡翠动画独力制作。该作品是唯一改编自金庸作品的动画，剧情忠于原著，但角色设计与原著有不同：角色属典型日式动画人物风格，包含一些中华元素，但服饰及头发颜色亦有改变。 杨过、小龙女几经艰辛终共谐连理，可惜小龙女已命不久矣，小龙女自知伤重不治，怕杨过伤心陪自己一起死，于是在绝壁下留书：十六年后相会。自己毅然跳进了万丈深渊！杨过醒来，发现小龙女不在，一时不知道发生什么事情，为了安慰杨过，黄蓉说小龙女被南海神尼带走，十六年后会回来跟他相见。杨过将信将疑，决定等待小龙女十六年。在和小龙女分手十六年后，杨过来到当时小龙女刻字的地方，守候了整整一天一夜，小龙女没有出现，杨过知道小龙女不会再出现，自己十六年的守候不过是一场空，在一夜之间，鬓发尽白，绝望的杨过纵身跳入万丈深渊。 在深渊水下，杨过发现了一条狭窄的通道，游过通道，他找到了在这里隐居了十六年的小龙女！原来小龙女也是投崖未死，无意中进入这个洞天福地，但是却没有办法再出去，于是一直在谷底隐居，二人十六年后重逢，无限欣喜……。杨过带着小龙女离开深渊，前往襄阳。此时的襄阳已经被蒙古大军围攻十六年，蒙古皇帝蒙哥御驾亲征，要攻下襄阳。眼看襄阳就要失守时，神雕侠侣翩然出现，杨过以高强武功，万军之中杀死蒙哥，蒙古大军顿时崩溃，解了襄阳十六年的围困。 经此一役，神雕侠侣天下扬名，杨过却带著小龙女悄然隐退，回到了活死人墓中，过著不为人知的生活，只留下神雕侠侣的传奇在世间流传。